Schlussendlich hat mir Valgrind sehr geholfen das Problem zu analysieren. Die Aufrufzeile um einen Zope-Server, der im Vordergrund läuft zu überwachen ist:
valgrind --leak-check=yes --trace-children=yes --suppressions=valgrind-python.supp bin/zopectl fg
Die Suppressions-Datei wird im Python-Source-Code mitgeliefert und sorgt dafür, dass Valgrind sich nicht von Python's Memory-Manager für kleine Objekte verwirren lässt.